Hakurei Reimu (博麗 霊夢) – Vu nữ của đền Hakurei, cô ấy cảm thấy mệt mỏi với cái lạnh kéo dài và muốn tìm ra nguồn gốc của thời tiết bất thường. Cô ấy tấn công bằng bùa tự ghim và kim châm.
Kirisame Marisa (霧雨 魔理沙) – Là một pháp sư áo đen, cô ấy nhìn thấy một cánh hoa anh đào bay xuống bên ngoài ngôi nhà của mình trong Khu rừng Phép thuật và tự hỏi rằng liệu mùa xuân có đang diễn ra ở một nơi khác không. Cô tấn công bằng tên lửa ma thuật và tia laser.
Izayoi Sakuya (十六 夜 咲 夜) - Hầu gái trưởng của Dinh thự Hồng Ma Quán, cô ấy biết rằng nguồn cung cấp mùa đông của họ đang giảm đi nhanh chóng, và muốn kết thúc mùa đông kéo dài trước khi chúng cạn kiệt hoàn toàn. Cô ấy tấn công bằng dao tự động ghim và dao ném.
Nhân vật trùm
Cirno (チルノ, Chiruno) – Quay trở lại từ màn 2 trong Embodiment of Scarlet Devil, Cirno là trùm giữa của màn đầu tiên trong Perfect Cherry Blossom. Cô ấy vẫn sử dụng các cuộc tấn công bằng băng, tựa như năng lực của cô, nhưng cô ấy không có lời thoại trong trò chơi này.
Letty Whiterock (レティ・ホワイトロック, Reti Howaitorokku) – Trùm chính màn một. Cô là một yuki-onna chỉ hoạt động trong mùa đông. Vì hiểu lầm về người đứng sau dị biến mùa đông bất tận, cô bị tấn công bởi các nữ chính. Cô ấy sở hữu một khả năng điều khiển sự lạnh giá — vì điều này tương đương với khả năng điều khiển mùa đông trong tự nhiên, cô ấy sở hữu sức mạnh to lớn tùy theo môi trường, nhưng cô ấy hầu như bất lực khi mùa đông sắp kết thúc. Khi mùa xuân bắt đầu, cô rút lui đến "nơi ở không xác định."[7]
Chen (橙) – Trùm giữa và Trùm chính màn hai, trùm giữa màn Extra, và có xuất hiện trong một spellcard của Yakumo Ran, trùm màn Extra. Là một người canh giữ mèo ở ngôi làng đã mất của Mayohiga, Chen là thức thần của Yakumo Ran, người đã ban cho cô sức mạnh phép thuật. Chen là một bakeneko, có được sức mạnh của một vị thần phẫn nộ khi bị chiếm hữu, nhưng vì Ran cũng là một thức thần nên năng lực của cô ấy khá yếu. Thức thần của cô sẽ bị loại bỏ khi bị ngâm trong nước, vì cô ấy là một con mèo nên cô ấy đặc biệt bị ảnh hưởng bởi nước.
Alice Margatroid (アリス・マーガトロイド, Arisu Māgatoroido) – Quay lại từ Mystic Square, Alice được thiết kế lại là midboss của màn 3, người duy nhất mà người chơi phải chiến đấu hai lần, và cũng là trùm của màn. Cô ấy là một pháp sư sử dụng búp bê, một sự khác biệt lớn với các đòn tấn công theo kiểu ma thuật cũ của cô ấy từ PC-98. Cô ấy có mái tóc vàng và làn da trắng, và phần nào giống với những con búp bê mà cô ấy tạo ra. Nói chung cô ấy khá thờ ơ với người khác, cô ấy gắn bó với ma thuật, tự tin, nhưng cũng rất rụt rè. Ban đầu là một con người, cô ấy đã trở thành một ma pháp sư sau khi hoàn thành một số khóa đào tạo. Đã không lâu kể từ ngày cô ấy trở thành một pháp sư, vì điều này, cô ấy vẫn tiếp tục những thói quen của con người như ăn và ngủ dù nó không còn cần thiết đối với cô nữa. Cô ấy sống trong Khu rừng Phép thuật, và có lẽ do ban đầu là con người nên cô ấy sẵn lòng cho những người bị lạc trong rừng trú ẩn. Bình thường xa cách, cô ấy không ngờ lại thích đấu tay đôi với người khác bằng bùa chú.
Lily White (リリーホワイト, Rirī Howaito) – Trùm giữa của màn bốn. Là một nàng tiên đang vui mừng cho mùa xuân sắp tới. Cô ấy là midboss đầu tiên nhận được hồ sơ nhân vật chính thức.
Prismriver Sisters (プリズムリバー三姉妹, Purizumuribā San-shimai) – Trùm của màn 4. Họ là những tao linh trong hình dạng của ba chị em gái. Họ vốn là con gái của một quý tộc, nhưng một biến cố không may xảy ra đã khiến bốn cô con gái của ông phải sống trong cảnh mồ côi. Cô con gái thứ 4, Layla Prismriver, đã không chịu rời khỏi ngôi biệt thự vì nó chứa đựng biết bao kỷ niệm của cô. Bằng cách sử dụng sức mạnh ma thuật của mình, cô gợi lên những tao linh với sự xuất hiện của những người chị gái mình, những người đã bị lãng quên cùng với dinh thự và những tao linh khác. Mặc dù họ đã chết từ đó, các chị em vẫn tiếp tục sống trong dinh thự. Ba chị em Prismriver, hiện là nghệ sĩ biểu diễn âm nhạc, đã được Yuyuko Saigyouji thuê để phục vụ giải trí cho buổi ngắm hoa sắp tới. Các nhân vật chính chạm trán với họ ở cánh cổng dẫn đến thế giới khác.
Lunasa Prismriver (ルナサ・プリズムリバー, Runasa Purizumuribā) – Người sẽ đấu với nữ chính đầu tiên khi chơi vai Reimu. Là chị cả của chị em nhà Prismriver, cô ấy chơi violin và thích biểu diễn solo.
Merlin Prismriver (メルラン・プリズムリバー, Meruran Purizumuribā) – Người sẽ đấu với nữ chính đầu tiên khi chơi vai Sakuya. Là con giữa của chị em nhà Prismriver. Cô ấy chơi kèn. Phép thuật của cô được đánh giá là mạnh nhất trong ba chị em, nhưng kỹ thuật của cô không tốt lắm. Dù vậy, cô ấy là người vui vẻ và có xu hướng ám ảnh về mọi thứ.
Lyrica Prismriver (リリカ・プリズムリバー, Ririka Purizumuribā) – Người sẽ đấu với nữ chính đầu tiên khi chơi vai Marisa. Là em út của chị em nhà Prismriver. Mặc dù thành thạo tất cả các nhạc cụ, cô ấy thích bàn phím và bộ gõ hơn. Cô ấy thông minh và cuốn hút, thường khuyến khích các chị gái của mình tham gia chiến đấu hơn là tự mình tham gia vào trận chiến.
KonpakuYoumu (魂魄 妖夢, Konpaku Yōmu) – Là trùm màn năm và trùm giữa màn sáu, người làm vườn và vệ sĩ của Yuyuko. Với sự tập trung cao độ, những nhát kiếm của cô có thể làm chậm thời gian hoặc chớp mắt ngay lập tức. Vì cô ấy là sự pha trộn giữa người và u linh, cô ấy tồn tại ở dạng nửa người nửa yokai, và con u linh lớn luôn đi theo cô ấy chính là nửa cơ thể của u linh. Cô ấy có tính cách thẳng thắn và siêng năng, tính cách ấy khiến cô thường bị những người xung quanh, đặc biệt là Yuyuko lôi kéo, trêu chọc.
SaigyoujiYuyuko (西行寺 幽々子, Saigyōji Yuyuko) – Trùm cuối cùng, công chúa ma quái của ngôi đền bên Minh giới, Hakugyokurō, người đã vô tình dụ các nạn nhân của mình đến cái chết của họ. Khả năng này bắt nguồn từ khi cô vẫn còn là một con người sống, và khiến cô cuối cùng phải tự sát, dùng mạng sống của mình để phong ấn một ác ma cổ đại trú ngụ trong một cây hoa anh đào yêu quái. Yuyuko, lần đầu xuất hiện, là một cô gái ngốc nghếch; Các việc làm trông tâm thần của cô dường như chủ yếu dành để trêu chọc người làm vườn và người hầu của cô, Youmu, và dự đoán bữa ăn tiếp theo của cô. Tuy nhiên, phong thái thường ngày của cô ấy lại che giấu một trí óc nhạy bén và một cái nhìn sâu sắc gần như phi thường. Danmaku của cô được đặc trưng bởi những kiểu đạn hình bướm.
Ran Yakumo (八雲 藍, Yakumo Ran) – Trùm màn Extra và trùm giữa màn Phantasm. Một yêu quái cáo chín đuôi mà Yakumo Yukari đã làm thức thần cho cô. Cô ấy mạnh mẽ đáng kể ngay cả khi không có sự hỗ trợ của chủ nhân; trong số những thứ khác, cô ấy sử dụng sức mạnh này để duy trì thức thần của riêng mình, Chen. Vì Yukari ngủ mười hai giờ một ngày, cô ấy xử lý công việc của mình trong thời gian này, và chiến đấu với nữ chính trong khi Yukari đang ngủ.
Yukari Yakumo (八雲 紫, Yakumo Yukari) – Trùm của màn Phantasm. Một yêu quái cổ đại có quyền kiểm soát ranh giới của tất cả mọi thứ, cả vật lý và ẩn dụ. Cô là bạn tốt của Yuyuko và là tiếp viên tự bổ nhiệm của phong ấn giữa Gensokyo và Thế giới Bên ngoài (Trái đất). Tuy nhiên, cô ấy đều dành hầu hết thời gian để ngủ, để lại mọi công việc cho thức thần Ran của mình và thức thần riêng của Ran, Chen. Khi rảnh, cô ấy có xu hướng tự giải trí bằng cách lôi kéo những con người chưa được chuẩn bị từ thế giới bên ngoài và mắc kẹt họ ở Gensokyo. Kỹ năng tính toán và toán học của cô ấy vượt xa Ran.
